Depuis le début des années 2000, de nouvelles épizooties telles que les grippes aviaires (IAHP) et la fièvre catarrhale ovine (FCO)traversent la France. La lutte contre ces maladies fait l’objet de controverses et est confrontée à une baisse de l’acceptabilité sociale des moyens utilisés.
En effet certaines méthodes préventives comme la vaccination obligatoire ou le confinement des animaux sont souvent plus difficiles à mettre en œuvre dans des systèmes fermiers ou de faible dimension. Leur systématisation peut induire ou favoriser la concentration ou la production industrielle dans un contexte où celles-ci sont elles même de plus en plus contestées à la fois par les éleveurs et par les consommateurs.